Tương truyền năm Thần Tông 21 tuổi (1136), bỗng nhiên mắc bệnh lạ, trên người mọc lông hổ, ngồi xổm chụp người, cuồng loạn, gầm gừ đáng sợ. Triều đình phải làm cũi vàng nhốt Vua trong đó. Khi ấy có đứa bé ở Chân Định hát rằng:

Nước có Lý Thần Tông,Triều đình muôn việc thông.Muốn chữa bệnh thiên hạ,Cần được Nguyễn Minh Không.

Triều đình sai quan chỉ huy đi đón sư Nguyễn Minh Không. Đến am, sư cười bảo: "Đây không phải là việc cứu cọp đó ư?" Quan chỉ huy hỏi: "Sao thầy sớm biết trước?" Sư bảo: "Ta đã biết việc này trước ba mươi năm". Sư đến triều vào trong điện ngồi, lên tiếng bảo: "Bá quan đem cái đảnh dầu lại mau, trong đó để một trăm cây kim, và nấu cho sôi, đem cũi vua lại gần đó." Sư lấy tay mò trong đảnh lấy một trăm cây kim găm vào thân vua, nói: "Quí là trời". Tự nhiên lông, móng, răng đều rụng hết, thân vua hoàn phục như cũ. Vua tạ ơn sư một ngàn cân vàng và một ngàn khoảnh ruộng để hương hỏa cho chùa, ruộng này không có lấy thuế.

Về việc này, Đại Việt sử ký toàn thư, quyển III không nhắc đến việc hóa hổ mà chép như sau:

[Năm 1136] Vua bệnh nặng, chữa thuốc không khỏi. Nhà sư Minh Không chữa khỏi, phong làm quốc sư. Tha thuế dịch cho vài trăm hộ [ban cho Minh Không]. (Tục truyền khi nhà sư Từ Đạo Hạnh sắp trút xác, trong khi ốm đem thuốc niệm thần chú rồi giao cho học trò là Nguyễn Chí Thành tức Minh Không, dặn rằng 20 năm sau nếu thấy quốc vương bị bệnh lạ thì đến chữa ngay, có lẽ là việc này).

Sách Khâm định Việt sử Thông giám Cương mục cũng chỉ ghi vắn tắt việc Lý Thần Tông "có tật chữa lâu không khỏi, sau nhờ nhà sư Minh Không chữa được".

Tiền thời Lý Thần Tông.

Lý Thần Tông băng ngày 26 tháng 9 năm Mậu Ngọ (tức ngày 31 tháng 10 năm 1138) ở Vĩnh Quang điện (永光殿), thọ 23 tuổi.